Andrés llega, ilusionado a un Madrid decadente a estudiar Medicina y se choca con una docencia pésima y un ambiente pobre y enrarecido en el que se sumergirá y donde encontrará a su futura esposa Lulú.
Toda la obra es una especie de reflexión sobre la existencia humana; así en todas las vivencias del personaje, Andrés, podemos observar una constante referencia a la desorientación existencial del hombre.
El árbol de la ciencia es una novela intelectual impregnada de una filosofía pesimista (patente en las lecturas del protagonista: Kant, Schopenhauer y Nietzche). La obra refleja la vida española en el tránsito del XIX al XX en la que plasma la mísera sordidez relacionada con las clases sociales y el ambiente cultural.
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