El narrador anónimo describe las cualidades de Ligeia, una mujer hermosa, apasionada e intelectual de pelo negro y ojos oscuros, que conoció en "una vieja y ruinosa ciudad cercana al Rin". Se casan, pero después de unos años Ligeia muere; el narrador, desconsolado, se muda a Inglaterra donde compra y reforma una abadía. Pronto entra en un matrimonio sin amor con "Lady Rowena Trevanion de Tremaine, de rubios cabellos y ojos azules".
En el segundo matrimonio, Rowena empieza a sufrir de fiebre y ansiedad. Una noche, cuando está a punto de desmayar, el narrador le llena un vaso de vino. Drogado por opio, ve (o cree ver) gotas de un "líquido brillante color rubí" caer en el vaso. Su condición se empeora rápidamente, y unos días después muere y su cuerpo es envuelto para ser enterrado.
Mientras el narrador mantiene vigilia por la noche, nota un breve resurgimiento de color en las mejillas de Rowena. Ésta muestra repetidamente señales de recuperación, pero vuelve a caer en muerte aparente. Mientras él intenta la resucitación, las reanimaciones de Rowena se hacen progresivamente más fuertes, pero las recaídas más finales. Cuando amanece, el narrador está sentado y emocionalmente exhausto por la lucha de la noche; Lady Rowena se levanta y camina al centro de la habitación. Cuando toca el cuerpo de su esposa, las vendas de su cabeza se caen, revelando su cabello negro y ojos oscuros: Rowena se ha transformado en Ligeia.
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